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Los casos de SARS-CoV-2 en España proceden de cinco linajes genéticos

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El virus SARS-CoV-2 entró en España por la ciudad de Vitoria, en torno al 11 de febrero, a través de la cepa genética B3a. El País Vasco parece ser la comunidad autónoma con más probabilidades de albergar el origen de la pandemia en España, con un foco de expansión importante que tiene lugar entre los días 5 y 14 y 16 y 19 de marzo.

coronavirus  2019-nCoVEstas son algunas de las conclusiones a las que han llegado los científicos de la Universidad de Santiago de Compostela Antonio Salas Ellacuriaga y Federico Martinón Torres en un artículo que se publica en la revista Zoological Research y que identifica las cinco cepas genéticas que explicarían el 90 % de todos los incidentes en la base de datos de genomas, la práctica totalidad de los casos de la COVID-19 en el territorio español.

A2a5, el segundo linaje más importante del virus en España, pudo originarse en Italia, el lugar donde surge su ancestro evolutivo, A2a, a su vez el más importante a nivel mundial. Este último llegaría a España a principios de marzo y rápidamente se expandió por Madrid, explican los investigadores. Muchos de estos linajes, ya sean los generados dentro de España, como los importados de fuera, pudieron ser exportados a otros lugares del mundo, como Inglaterra (B3a) o Sudamérica (B3a o A2a4, entre otros).

El grupo de Salas y Martinón, pertenecientes al Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela, indica que España representa uno de los grandes focos mundiales de la primera ola de la pandemia. Con la finalidad de entenderla desde el punto de vista del agente causal, han analizado un total de 41 362 genomas, de los cuales 1 245 componen la muestra española. Se trata del mayor estudio global llevado a cabo hasta la fecha en relación con la variabilidad genómica del SARS-CoV-2 en el mundo y el primero publicado en explorar la variación genética en España.

El primer linaje español

El presente estudio es una continuación del proyecto pionero previo del mismo grupo de investigación donde descubrieron la importancia de los super- contagiadores como gran motor de la pandemia. Esta vez, han centrado sus esfuerzos en comprender la dinámica de transmisión en España. Según sus conclusiones, existen cinco linajes principales que explican casi el 90% de todos los incidentes en la base de datos de genomas: A2a5 (38,4 %), B3a (30,1 %), B9 (8,7 %), A2a4 (7,8 %), y A2a10 (2,8 %).

“Mediante una combinación de análisis evolutivos y matemáticos que tienen en cuenta no solo la cronología de los genomas sino también sus patrones de variación genómica, hemos reconstruido el origen más probable de estos linajes, dentro y fuera de España”, explica Antonio Salas.

El estudio constata que mientras que B3a, B9 y el sub-linaje A2a5 c surgieron en España, A2a5, A2a4 y A2a10 fueron importados de otros países de Europa. Un aspecto distintivo del SARS- CoV-2 en España es la frecuencia tan elevada de genomas pertenecientes a la cepa B: 39,3 %, mayoritariamente representadas por las sub-cepas B3a y B9. “En el estudio se hace una investigación al más puro estilo policial aunando la información que procede de distintas fuentes, básicamente evolutivas, geoespaciales y cronológicas (filogeografía), y ayudándose de la enorme fuente de información allegada por la gran base de datos internacional de genomas utilizada en el estudio”, explica Salas.

En relación con el linaje B3a, y a la luz de los datos existentes en los genomas que componen la muestra, el estudio concluye que el País Vasco es la zona más probable para albergar su origen. Por otro lado, A2a5, el segundo linaje más importante en España “muy probablemente se originó en Italia, otro de los grandes epicentros no asiático en la expansión del coronavirus”, afirman Salas y Martinón.

La mutación D614 G

Existen ya algunos trabajos que apuntan a que la mutación D614 G en el coronavirus le confiere una mayor capacidad de transmisión. “Nuestro estudio indica que esta mutación está presente en aproximadamente un 56 % de todas las cepas de España, lo cual podría parecer muy alta, pero es con todo la más baja de toda Europa (82 %)”, señalan. Los resultados no apoyan una implicación de esta mutación en la alta incidencia de la COVID-19 en España, no solamente por su frecuencia que es difícil de encajar con la incidencia de la enfermedad, sino también porque la mutación surge en A2 y no A2a; pero es A2a, con todo, “la cepa que tiene éxito a nivel mundial”.

Los autores proponen que es el azar, técnicamente deriva génica, favorecido por eventos de supercontagio, lo que eleva la frecuencia de esta mutación en todo el mundo. Los linajes principales de España experimentaron incrementos repentinos en su tamaño efectivo en un tiempo muy corto y en ciudades concretas. El análisis evolutivo de estos linajes delata que detrás de estas expansiones del virus fue necesaria la mediación de supercontagiadores.

Existen varias fuentes de evidencia en relación con este hecho que tienen que ver con la vida media de las cepas de los virus, sus tasas evolutivas, localización geográfica o cronología, entre otras. “Por todo ello creemos que el papel de los supercontagiadores y no variaciones ventajosas en el genoma del virus tuvieron mucha más importancia a la hora de entender y explicar la epidemiología del SARS-Cov-2”, dice Martinón.

Tasa de cambio

De los 41 362 genomas, el grupo detectó 19.968 secuencias diferentes. “Hoy es imposible reconocer si entre los más de 14 000 cambios genéticos detectados existe alguno que pudiera tener alguna implicación en la eficacia de las futuras vacunas o en los posibles tratamientos, aunque sí es más predecible su impacto sobre los métodos de diagnóstico”, apunta Salas.

Según Martinón, “es esencial estar atentos por las implicaciones que puede tener, y nuestro sistema de clasificación puede ser una herramienta clave, y formar parte de las medidas de vigilancia activa de variabilidad del virus”.

La metodología utilizada por el grupo de Salas y Martinón servirá de modelo para estudiar cualquier otra zona del mundo y demuestra la posibilidad de estudiar la dinámica del virus a escalas geográficas pequeñas cuando se analizan en un contexto pandémico internacional.

Este trabajo es solo una parte de un proyecto mucho más ambicioso denominado GEN-COVID, una apuesta que integra genómica, transcriptómica, epigenómica, proteómica e inmunología. El artículo, titulado ‘Phylogeography of SARS-CoV-2 pandemic in Spain: story of multiple introductions, micro- geographic stratification, founder effects, and super-spreaders’, está también firmado por Alberto Gómez Carballa, Xabier Bello Paderne, Jacobo Pardo Seco y María Luisa Pérez del Molino-Bernal.

septiembre 18/2020 (Diario Médico)